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如果苹果手机中的短信已经被删除，恢复它们可能会有些困难，具体取决于情况。以下是几种可能的解决方案。
1、通过iCloud备份恢复：如果开启了iCloud备份并且备份包含了已删除的短信，可以通过恢复备份来找回短信，在iPhone上设置-通用-还原中，选择从iCloud备份恢复。
2、使用iTunes备份恢复：如果使用iTunes备份手机，可以从最近的备份文件中恢复已删除的短信。
3、使用第三方软件尝试恢复：有一些第三方软件可以扫描iPhone并尝试找回已删除的短信，但是需要注意，使用第三方软件可能存在风险，因此在使用之前最好进行充分的研究和评估。
如果无法恢复短信，可以考虑以下方式回复对方：
1、重新发送一条新的短信，表达之前的误会或遗漏，并道歉。
2、如果短信是与工作相关，尝试联系对方并解释情况，看是否能通过其他方式获取所需的信息。
3、如果短信是与朋友或家人有关，可以直接打电话或视频通话沟通。
无论使用哪种方法，都应保持诚实和尊重，尽量避免造成不必要的误解或困扰。